WARNA MERAH, HITAM DAN PUTIH
Warna merah dan hitam melambangkan pembangunan MSU yang dinamik dan seimbang. Warna merah mencerminkan semangat jitu MSU di dalam bidang pengajian manakala warna hitam pula melambangkan perubahan dan cabaran yang ditempuhi. Warna putih pula melambangkan kesucian serta ilmu yang perlu dituntut itu tiada sempadannya di MSU.
BUNGA RAYA
Bunga kebangsaan Malaysia, bunga raya, secara simboliknya memaparkan MSU sebagai sebuah universiti yang mengutamakan nilai-nilai kebudayaan Malaysia. Kelopak merah dan putih menggambarkan kesungguhan MSU manakala titik putih terbesar bermaksud kesediaan MSU memainkan peranannya di tahap global. Bunga raya secara keseluruhannya melambangkan kehidupan melalui penekanan MSU di dalam bidang Perubatan dan Sains Kesihatan. Kelopak berbentuk “M” mewakili pengurusan manakala gaya visual kelopak tersebut melambangkan kursus-kursus sains maklumat dan kejuruteraan yang ditawarkan. Kelopak berbentuk “M” itu juga membawa maksud sifat penyayang yang ditekankan di MSU. Bilangan kelopak tersebut, melambangkan lima misi MSU kearah penjanaan graduan atau modal insan berwibawa melalui kaedah pembelajaran terkini.
